환경부는 최근 단절된 자연생태계를 유기적으로 연결하고 훼손된 지역을 복원하기 위하여 백두대간 지역에 설치한 생태통로 12개를 대상으로 현지 조사를 실시하였다. 분야별 전문가와 환경단체가 참여한  ‘생태통로평가단’을 구성, 실시된 이번 조사는 환경부가 백두대간에 시범사업으로 설치한 2개소를 비롯하여, 건설교통부가 환경부의 요청에 따라 백두대간 일반국도에 설치(2002~2003)한 오대산 진고개와 남덕유산 육십령 등 총 12개소를 대상으로
실시하였다.
조사결과 생태통로 대부분이 최근에 설치된 관계로 토양의 안정화와 식생이 정착되지 않아 야생동물의 이용률이 높지 않았으며, 또한 급경사, 소형동물 및 양서·파충류 이동을 위한 배수로내 탈출구 미설치, 유도펜스 미설치, 외래수종 식재 등 일부 시설의 불합리한 점이 지적되었다.
생태통로 설치목적을 달성하기 위해서는 생태통로 관리업무 위임(위탁)기관의 정기 모니터링 시행, 배수로에 탈출구 및 이동덮개 설치, 카메라·모래판 등 모니터링 시설의 설치, 지피식물 종자 파종·자생종 관목류 및 넝쿨식물 식재, 유도펜스 설치 확대 및 급경사 지역 완화공사가 필요한 것으로 나타났다.
환경부는 생태통로의 시설 설치·유지관리기관인 건설교통부와 기능 모니터링 위임(위탁)기관인 지방환경청 및 국립공원 관리공단에 조사결과를 통보하여 생태통로에 대한 기능향상 및 조속한 정착을 위해 문제점에 대한 개선대책을 적극 추진 중이라고 한다.