주로 직장인들이 많이 진학하고 있는 특수대학원 석사과정에 대해서 많이 이야기하겠는데, 일반적으로 일반대학원 석사과정은 2년과정의 주간제로 운영되는데 반해, 특수대학원 석사과정은 2년 6개월과정의 야간제와 3년과정의 계절제로 운영되는데 큰 차이 - 서울대학교의 보건·행정·환경대학원은 특수대학원의 범주에 들어가나, 주간은 2년제로, 야간은 2년 6개월과정의 석사과정으로 운영되고 있어 일반대학원과 특수대학원이 혼재된 특이성을 보인다 - 가 있으며, 실무적 차원의 전문교육을 위해 설립되었지만, 수업연한, 이수학점체계, 제규정, 학위수여종별 등에 있어서는 일반대학원의 예를 적용하고 있다.

'97년 3월 15일에 대학원 규정이 대통령령으로 제정되기 전까지는 특수대학원은 일반적으로 전문대학원이란 명칭으로 호칭되었는데, 이제 전문대학원이란 특수 전문직업의 전문가를 양성하는 대학원으로 규정되어 있어, 직업인 또는 일반성인을 위한 계속교육을 주된 교육목적으로 하는 특수대학원과는 그 의미가 명확하게 다르게 되어 있다.

우리나라의 특수대학원은 국립으로는 1959년 서울대학교에 행정대학원과 보건대학원이 최초로 설립되었고, 사립으로는 1963년 고려대학교에 경영대학원이 설립된 이래 사회적 수용에 따라 계속적으로 양적인 팽창을 보여왔으며, 대다수의 특수대학원이 국공립대학교에서 보다는 사립대학교에서 설립되고 있다. 이와같은 배경을 살펴보면 현대 사회와 경제의 발전에 따라 각 분야에서의 고급 두뇌와 전문 기술의 수요가 증가하게 되었고, 각대학에서도 경영난 해소를 위한 타개책의 일환으로 많은 수의 특수대학원을 설립하였기 때문이다. 하지만 이러한 양적인 증가에 따라 발전하여야 할 특수대학원의 전반적인 학사운영에 대한 확실한 법적 근거가 아직까지 마련되지 못하고 있으며, 수여학위종별에 있어서도 특수대학원 고유의 특성을 살리지 못하고 있고, 학위자체도 각종 전문직 수행에 필요한 특수전문교육에 대한 평가로서 수여되기 보다는 단지 외형적인 자격 요건 - 요컨대, 학사일정에 따라 진행되는 학점이수와 형식적인 졸업논문관련 자격시험과 논문심사에 합격할 경우 - 만을 충족시킬 경우 별다른 평가없이 학위가 수여되어 한편으로 학위가 남발되고 있는 현상을 보이는 등 산재하고 있는 많은 문제들이 있다.

현재 설립된 특수대학원을 살펴보면 특별한 시설이나 실험실습을 필요로 하지 않는 인문사회계 내지 사범계 계통의 대학원이 전체의 75% 정도를 차지하고 있는 것은 그 단적인 예가 될 것이다.