환경부는 2001년부터 자연형하천정화공법이 적용된 정화사업에 대해서 사업비를 우선지원키로 했다. 또한 지원비율도 일반 시·군의 경우 현행 55%에서 70%로 대폭 상향조정된다.
오염하천정화사업은 환경부가 1987년부터 국고 및 지방양여금으로 지원해 오고 있는데, 오염이 심화된 하천을 대상으로 오염물질 준설, 직·간접 정화시설설치, 생태계 복원공사 등을 통하여 수질을 개선하고 자정능력을 높이는 것을 그 목적으로 하고 있다. 그러나 정화사업을 집행하는 시·군에서는 홍수방지나 고수부지의 이용확대를 위해 하천 유로의 직선화, 경사면의 콘크리트화 등으로 사업을 추진하여 오히려 하천의 자정기능을 상실케하고 수변생태계를 단절시키는 결과를 초래해 왔다.
이에 환경부는 자연형 하천정화사업을 추진하는 시·군에 대해 중점지원키로 했으며, 또한 「물관리행정 종합평가」결과가 우수한 시·군은 우선 지원하는 한편, 자연형이 아닌 기존방식의 사업에 대해서는 원칙적으로 예산을 지원하지 않키로 했다.