이 사업은 그간 많은 우여곡절을 겪었다. 죽음의 바다로 변해버린 시화호를 계기로, “시화호가 바로 새만금의 미래”라며 이를 막기 위한 저항이 일어나면서, 1999년 말부터 약 2년간 공사를 중단했었다. 2001년 정부가 친환경 순차개발을 결정하고 다시 공사를 시작하였으나, 2003년 환경단체의 소송으로 다시 중단되었다. 공사는 가다서다를 반복하며 지체되다가 2006년 대법원 3심에서 사업에 하자가 없다며 사업을 계속하라는 판결이 최종적으로 내려지고 사업이 재개되었고, 새만금 방조제 물막이 공사가 마무리 되었다.
17년이라는 시간이 지나는 동안 사업의 의미도 변화했다. 처음에는 농지 확보로 식량자급률을 높이자는 구상이었고, 더불어 국토를 확장하겠다는 의미도 가지고 있었다. 그러나, 쌀 소비량은 계속 줄어들었고, 농지의 효용성에 대한 의문이 제기되면서 서서히 일부분을 복합용지로 활용하겠다는 개발 방안이 고개를 들었다.
동양 최대의 갯벌을 살려야 한다며 환경단체들은 사업자체에 대해 반대를 했고, 농업용지로만 쓰겠다던 농림부의 약속도 믿을 수 없다며 격렬하게 반발했다. 이명박 정권이 들어서면서 “새만금을 동북아의 두바이로 만들겠다”며 동북아 경제 중심지 건설로 정책 방향이 바뀌었고, 이에 따라 지난 10월 21일 국무회의를 열어 농지 비율을 30%로 대폭 축소하는 변경안으로 ‘새만금 토지이용계획 확정안’을 의결했다.

환경은 구호뿐, 정부의 이율배반

이에 환경단체들은 새만금 같은 대규모 간척사업은 환경영향평가를 거쳐 사업이 확정돼야 한다며 변경안이 무효임을 주장하고 나섰다. 2006년 대법원의 판결은 “농지 이외의 용도로 쓴다는 증거가 전혀 없으므로 공사를 계속 해도 된다”는 내용이었다며, 새만금 지역을 다른 용도와 목적으로 개발할 경우 사전환경성검토, 환경영향평가 등이 새로 이루어져야 한다는 것이다. 국내 60여 개의 습지 중 40개가 매립 위험에 처해있는 상황에서, 한쪽으로는 ‘논습지’를 없애는 데 앞장서고, 한쪽으로는 람사르당사국총회를 개최하면서 국제 대회를 열어 ‘논습지’의 보존을 강조하는 이중적인 행태를 벌이고 있다며 정부의 반환경성에 대해 맹비난을 보내고 있다.