주요 내용가. 자연문화재는 인위적인 간섭을 최대한 배제하되 자연적인 변동과 같은 고유한 특성을 반영하고, 지속가능한 활용과 조화를 이루도록 보존·관리·활용되어야 함(안 제3조).나. 문화재청장은 자연문화재의 체계적 보존·관리를 위하여 자연문화재 보존·관리계획을 5년마다 수립하도록 함(안 제6조).다. 문화재청장 및 지방자치단체의 장은 자연문화재 현황, 관리 실태 및 활용 등에 대하여 조사하고 그 기록을 작성할 수 있도록 함(안 제7조).라. 문화재청장은 문화재위원회의 심의를 거쳐 역사적·예술적·학술적·경관적 가치가 높은 것으로 보존의 필요성이 있는 자연문화재를 천연기념물 또는 명승으로 지정할 수 있도록 함(안 제9조).마. 시·도지사는 천연기념물인 동물의 구조 또는 질병의 치료 등을 위하여 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 천연기념물 동물치료소로 지정할 수 있도록 함(안 제16조).바. 문화재청장은 지질등에 대한 지표·발굴조사를 위하여 지질분야 조사기관을 지정할 수 있도록 함(안 제17조).사. 누구든지 시·도지사의 허가 없이 해당 천연기념물과 동일한 종을 천연기념물인 가축의 관리구역 내로 반입하거나, 관리구역 외로 반출할 수 없도록 함(안 제22조).아. 문화재청장은 천연기념물인 동·식물이 질병에 걸리거나 질병을 전파·확산하지 않도록 관리하여야 하며, 천연기념물인 가축의 소유자 또는 관리단체는 해당 천연기념물의 연도별 질병관리계획을 수립·시행하여야 함(안 제23조).자. 천연기념물·명승의 보존에 영향을 미치는 다음 각 호의 행위를 하려는 자는 문화재청장의 허가를 받도록 함(안 제25조).차. 누구든지 천연기념물인 지질등을 허가 없이 발굴하거나 훼손할 수 없으며, 발굴허가를 받은 자는 발굴 결과를 문화재청장에게 보고하도록 함(안 제29조).카. 국가 또는 지방자치단체는 천연기념물 및 명승의 소유자, 관리단체 및 토지소유자 등과 토지의 이용 및 관리방법이나 교육·관광·체험활동 등 천연기념물등의 보존·관리 및 지속가능한 활용을 내용으로 하는 관리협약을 체결할 수 있도록 함(안 제38조).타. 문화재청장은 전통조경의 보존 및 육성을 위하여 전통조경 조사·연구, 전문 인력 양성·지원, 전통 수종의 보급·양성 등의 시책을 추진하도록 함(안 제41조).파. 문화재청장은 천연기념물 유전자원 보존을 위하여 유전자원의 보호·연구, 정보수집 및 관리시스템 구축 등의 시책을 추진하도록 함(안 제42조).하. 문화재청장은 남북 자연문화재의 보존을 위하여 비무장지대 및 북한의 자연문화재 지정, 보존 현황을 조사하는 등의 시책을 수립·추진하도록 함(안 제46조).