2006년 5월 27일 전남대학교에서 전국 각 대학의 농업생명계열대학생들이 모여 과거 단절되었던 교류를 다시 복원시키고자 협의회를 출범하는 행사가 열렸다. 1박 2일동안 진행된 이 행사에서는 130여명의 학생들이 모여 친목도모를 위한 명랑운동회를 시작으로 농대협 창립총회, 농대협 출범식을 거행하였으며 한미FTA, 농업현안 등 위기에 놓인 한국농업을 지켜내기 위해 힘과 의지를 모으고 각 대학들간의 고민을 토론하는 자리를 가졌다.